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為什么qPCR提RNA不提DNA

 更新時(shí)間:2024-05-30 點(diǎn)擊量:973

定量PCRqPCR)是一種在PCR反應(yīng)中實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)核酸擴(kuò)增產(chǎn)物的方法。為什么qPCRRNA不提DNA?

RNA更能反映gene的表達(dá)水平    

依據(jù)中心法則,細(xì)胞內(nèi)的DNA序列首先被轉(zhuǎn)錄成RNA分子,特別是信使RNAmRNA),隨后mRNA攜帶遺傳信息,用于指導(dǎo)蛋白質(zhì)的合成。

mRNA的豐度和多樣性是衡量基因表達(dá)水平的關(guān)鍵指標(biāo),它們直接關(guān)聯(lián)到特定基因在特定時(shí)間和條件下的活性。與蛋白質(zhì)相比,RNA的水平變化能夠更快地反映基因表達(dá)的動(dòng)態(tài)變化,因?yàn)?/span>RNA的穩(wěn)定性相對(duì)較低,其水平變化可以迅速響應(yīng)細(xì)胞內(nèi)外部環(huán)境的改變。通過(guò)測(cè)量mRNA的表達(dá)水平,科研人員可以獲得細(xì)胞在特定時(shí)刻基因活性的快照,這對(duì)于理解復(fù)雜的生物學(xué)過(guò)程和疾病機(jī)制至關(guān)重要。

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DNA序列信息相對(duì)穩(wěn)定   

 DNA序列是生物體內(nèi)遺傳信息穩(wěn)定存儲(chǔ)形式,它包含了構(gòu)成生物體所有基因的核苷酸順序。DNA分子的數(shù)量在細(xì)胞中保持相對(duì)恒定,僅在細(xì)胞分裂過(guò)程中進(jìn)行復(fù)制,以確保遺傳信息的準(zhǔn)確傳遞給子代細(xì)胞。然而,DNA的這種穩(wěn)定性也意味著,單純測(cè)量DNA的量并不能直接提供關(guān)于基因在特定時(shí)刻的活性狀態(tài)或其表達(dá)活性的信息。

為什么qPCR不直接擴(kuò)增RNA

RNA的不穩(wěn)定性:RNA分子比DNA分子更不穩(wěn)定,更容易被細(xì)胞內(nèi)的RNA酶降解。直接擴(kuò)增RNA可能會(huì)增加其被降解的風(fēng)險(xiǎn),導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)結(jié)果的不準(zhǔn)確。

逆轉(zhuǎn)錄過(guò)程:qPCR中,通常首先使用逆轉(zhuǎn)錄酶將RNA轉(zhuǎn)換成cDNA(互補(bǔ)DNA)。這樣,RNA的不穩(wěn)定性不再是問(wèn)題,并且cDNA的穩(wěn)定性和DNA的擴(kuò)增效率使得實(shí)驗(yàn)更為可靠。

實(shí)驗(yàn)簡(jiǎn)便性:逆轉(zhuǎn)錄生成cDNA后,可以使用標(biāo)準(zhǔn)的qPCR協(xié)議進(jìn)行擴(kuò)增和定量,這簡(jiǎn)化了實(shí)驗(yàn)流程并提高了操作的一致性。

避免干擾:直接擴(kuò)增RNA可能會(huì)受到RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的影響,這可能會(huì)阻礙引物的結(jié)合和聚合酶的活動(dòng)。通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄成cDNA,可以減少這種結(jié)構(gòu)對(duì)擴(kuò)增過(guò)程的潛在影響。

提高靈敏度和特異性:cDNA的合成還可以提高qPCR的靈敏度和特異性,因?yàn)?/span>cDNA的合成可以包括去除原始RNA模板的步驟,這有助于減少擴(kuò)增過(guò)程中的背景噪聲。

技術(shù)兼容性:逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生的cDNA可以用于多種下游應(yīng)用,包括qPCR、克隆、測(cè)序等,這增加了實(shí)驗(yàn)的靈活性。

定量準(zhǔn)確性:通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄生成cDNA,可以更準(zhǔn)確地對(duì)RNA分子進(jìn)行定量,因?yàn)?/span>cDNA的擴(kuò)增效率通常比直接擴(kuò)增RNA更為一致。

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